# IMPORTER LES DONNEES DANS R

setwd("C:/sauvegarde_dell/C/PUBLICC/ENSEIGNEMENTS/DU-BIOSTATS-OUAGA")
data=read.csv2("anemia.csv")
head(data)
str(data)


# DECRIRE LES DONNEES AVEC DES GRAPHIQUES
# histogramme
hist(data$age)
# tableau
table(data$sex)
# diagramme en barres
barplot(table(data$sex))
barplot(table(data$sex), col=c(2,3))
barplot(table(data$sex), col=c(2,3), names.arg = c("femme", "homme"))
barplot(table(data$sex), col=c(2,3), names.arg = c("femme", "homme"), main="Répartion selon le sexe")

# diagramme en camembert
pie(table(data$sex))
# diagramme en points
dotchart(as.vector(table(data$TTT)))
# nuage de points
plot(data$hb0, data$hb28)
plot(data$hb0,data$age,  type="l")
# boîte à moustaches
boxplot(data$age)
# diagramm quantile-quantile
qqnorm(data$age, pch = 1, frame = FALSE)
qqline(data$age, col = "steelblue", lwd = 2)

qqnorm(data$age)
qqline(data$age)

qqplot(data$age, data$hb0)

# moyenne
mean(data$age) 
# médiane
median(data$age)

# structure des données
str(data)

# redéfinir le type en factor
data$sex=as.factor(data$sex)
data$G6PD=as.factor(data$G6PD)

# test de chi 2
chisq.test(data$sex, data$G6PD)
K=chisq.test(data$sex, data$G6PD)

# Effectifs calculés
K$expected

# test de Fisher
fisher.test(data$sex, data$G6PD)

# nuage de points
plot(data$age, data$hb0)
# droite de régression sur le nuage de points
abline(lm(data$hb0~data$age))

# test paramétrique de corrélation
cor.test(data$age, data$hb0, method = "pearson")

# test non paramétrique de corrélation
cor.test(data$age, data$hb0, method = "spearman")

# boite à moustache selon les sous classes
boxplot(data$deltadj~data$TTT)

# Analyse de la variance
A=aov(data$deltadj~data$TTT)
summary(A)

# Vérification de la normalité dans un sous-groupe
qqnorm(data$deltadj[data$TTT=="AB1"])
qqline(data$deltadj[data$TTT=="AB1"], col="blue")

# test de Kruskall Wallis
kruskal.test(data$deltadj~data$TTT)